OSX でサイドバーに追加していたフォルダを消してしまうと、そのサイドバーの項目が右クリック出来なくなり、削除が出来なくなってしばらくたつのですが、ググってみたら解決策が見つかりました。
Removing broken links from sidebar in Lion | binaryfactory.ca
ここにあるように、 Command クリックして、ドラッグしてゴミ箱に捨てるか、画面の外に捨てることによって、削除出来るとの事です。やってみたら確かに出来ました。数ヶ月イライラしたのが解決して、スッキリしました。やっぱり早めにググってみるべきですね。